Programmation avec R

et partag librement.

(cid:17) Un logiciel form des composantes suivantes :

(cid:226) R de base (fonctions statistiques et graphiques standards).

(cid:226) Extensions appel es packages (collections de nouvelles fonctions cr es par des utilisa-

teurs).

Que fait-on avec R ?

Typiquement, on utilise dabord R pour faire de lanalyse statistique de donn es. On r alise

donc en R les t ches suivantes :

(cid:17) Manipuler des donn es.

(cid:17) Appeler des fonctions pr existantes de calculs statistiques (estimation de statistiques, ajus-

tement de mod le, etc).

(cid:17) Produire des graphiques.

(cid:17) R diger des rapports danalyse de donn es.

Lorsquon a besoin daller plus loin

Plusieurs utilisateurs de R doivent un jour d velopper leurs propres fonctions de calcul statis-

tique. On peut devenir un d veloppeur lorsque :

(cid:17) On a besoin de faire la m me analyse plusieurs reprises (automatiser des calculs).

(cid:17) On souhaite am liorer les implantations existantes dune m thode de calcul.

(cid:17) On cherche d velopper de nouvelles m thodes de calcul.

On passe dutilisateur de R d veloppeur R souvent sans m me sen rendre compte.

Forces de R

(cid:17) Logiciel libre : a lavantage d tre gratuit et de favoriser la recherche reproductible.

(cid:17) Langage interpr t : langage plus proche de notre langage que du langage machine, donc

plus simple et direct que, par exemple, C ou C++.

(cid:17) Partage et r utilisation de code facilit gr ce au syst me des packages et au CRAN. commu-

naut active de d veloppeurs et dutilisateurs :

(cid:226) R volue vite, ses bogues sont identi s et corrig s rapidement.

(cid:226) il y a beaucoup dinformation concernant la programmation en R sur internet.

(cid:226) le nombre de packages R est toujours grandissant, ainsi de nouvelles fonctionnalit s sont

fr quemment ajout es R.

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Yousri HENCHIRI

Limites de R

Les caract ristiques de R sont particuli rement adapt es au monde de la recherche et de lensei-

gnement. Il est donc tr s utilis dans les universit s. Par contre, il comporte les limites suivantes :

(cid:17) Logiciel libre : certaines organisations pr f rent utiliser un logiciel commercial.

(cid:17) Langage interpr t : R est parfois lent pour r aliser certains calculs.

(cid:17) Gestion de la m moire : le R de base est plus ou moins adapt la manipulation de donn es

volumineuses (mais de plus en plus de packages sont cr s pour contrer ce probl me).

Logiciel libre versus commercial

Certains pr f rent utiliser un logiciel commercial car :

(cid:17) Un logiciel libre nore aucune garantie ocielle quant la validit de ses r sultats.

(cid:17) Un logiciel libre nore pas de soutien technique.

1.2

Installation de R et RStudio

1.2.1

Introduction

Syst me dexploitation

Cette che explique les tapes g n rales dinstallation de R (cid:120) et RSutdio (cid:120) pour tous les

syst mes dexploitation :

(cid:17) Windows.

(cid:17) macOS (repr sentant ici galement ses pr d cesseurs Mac OS X et OS X).

(cid:17) Linux (ou Unix).

Quelques explications plus d taill es sont parfois fournies pour un syst me dexploitation sp cique

(en particulier Windows). La documentation ocielle du R core concernant linstallation de la

plus r cente version de R est disponible ici : https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-

admin.html (cid:120)

N cessaire au d veloppement de packages R

An de d velopper des packages R, quelques outils suppl mentaires au logiciel R sont n ces-

saires, notamment un compilateur C/C++.

(cid:17) Sous Windows, tous les outils requis sont r unis dans les Rtools (cid:120), qui sont gratuitement

distribu s sur internet.

(cid:17) Sous macOS, il faut avoir les Xcode command line tools (cid:120) disponibles gratuitement, sils ne

sont pas d j install s.

(cid:17) Sous Linux, il faut sassurer davoir install R accompagn des ses development tools

(r-base-dev).

LaTeX

Pour compiler des documents R Markdown vers un format PDF, une installation de LaTeX

est requise. De plus, une des commandes R pour le d veloppement de packages (R CMD check)

a besoin dun compilateur LaTeX pour tester la cr ation de la documentation en format PDF.

Ainsi, plusieurs utilisateurs de R auront besoin de LaTeX.

Voici quelques suggestions de compilateurs LaTeX gratuits :

(cid:17) MiKTeX (cid:120).

(cid:17) MacTeX (cid:120) (macOS seulement).

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(cid:17) TinyTeX (cid:120), installable partir de R gr ce au package R tinytex (cid:120) (pens sp ciquement

pour les utilisateurs de R, peut- tre moins int ressant pour ceux qui utilisent aussi LaTeX

en dehors de R).

Notez que les syst mes Linux viennent habituellement par d faut avec une distribution de LaTeX.

1.2.2 Logiciel R

Si, lors de linstallation de RStudio, R est d j pr sent sur lordinateur, son emplacement devrait

tre d tect automatiquement par RStudio. Il est donc pr f rable de d buter par linstallation de

R.

Installation Suivez dabord ces tapes :

(cid:17) allez sur le site https://www.r-project.org/ (cid:120).

(cid:17) cliquez sur CRAN dans le menu gauche.

(cid:17) s lectionnez le site miroir du CRAN le plus pr s de chez vous.

(cid:17) dans la case intitul e Download and Install R , cliquez sur le lien correspondant votre

syst me dexploitation.

Sous Windows ou macOS, il sut de t l charger un installateur et de double-cliquer sur le

chier pour d marrer linstallation. Sous Linux, les instructions varient en fonction de la distri-

bution utilis e. Vous pouvez proc der linstallation de R en suivant les instructions d crites sur

cette page web : http://basicgroundwork.blogspot.ca/2015/05/install-r-in-ubuntu-1404.html (cid:120)

1.2.3 RStudio

Installation Vous pouvez t l charger gratuitement la version la plus jour de RStudio partir

du site web :https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ (cid:120)

Le chier dinstallation correspondant votre syst me dexploitation vous sera propos (vers

le milieu de la page). Vous pouvez aussi trouver le bon chier dans le tableau intitul All

Installers .

1.2.4 Packages R

Installation

partir du CRAN

Le CRAN (cid:120) est le d p t informatique de packages R g r par le R core team. Cest l que la

majorit des packages R sont rendus disponibles publiquement.

Pour installer un package partir dun des miroirs du CRAN, il sut de :

(cid:17) sassurer d tre connect internet.

(cid:17) d marrer une session R et lancer la commande suivante en R :

install.packages(nomPkg)

En RStudio, la commande install.packages peut tre lanc e par le bouton Install de la

sous-fen tre Packages , en s lectionnant les options appropri es.

partir dun d p t informatique autre que le CRAN

En plus du CRAN, des packages R sont partag s dautres endroits sur le web, notamment

sur :

(cid:17) Le d p t informatique de packages en bio-informatique Bioconductor (cid:120),

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Yousri HENCHIRI

(cid:17) Un service web dh bergement et de gestion de versions tel que GitHub (cid:120), GitLab (cid:120) ou

BitBucket (cid:120).

Le package remotes (cid:120) ore des fonctions pour t l charger et installer directement partir de ces

sites (p. ex. fonctions install_bioc (cid:120), install_github (cid:120), install_gitlab (cid:120) et install_bitbucket (cid:120)).

partir dun chier local

Pour installer un package partir dun chier local, il faut plut t lancer la commande suivante

en R :

install.packages("cheminAcces/nomPkg_NoVersion.zip", repos = NULL)

Dans cet exemple, lextension du chier doit tre adapt e selon le syst me dexploitation utilis .

Lextension .zip est celle dun package pour Windows, .tgz est lextension dun package pour

macOS et .tar.gz est lextension dun package source, qui est aussi la version requise avec Linux.

Emplacement des packages install s

Le r pertoire dans lequel les packages R sont install s par d faut est identi dans le premier

l ment du vecteur retourn par la commande R suivante :

.libPaths()

Les autres l ments de ce vecteur sont dautres r pertoires dans lesquels R peut acc der des

installations de packages.

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