Programmation avec R
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Mr. Yousri Henchiri
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31 octobre 2021
Yousri HENCHIRI
Table des matières
1 Introduction à R 2 1.1 Présentation de R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Installation de R et RStudio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.2.2 Logiciel R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2.3 RStudio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2.4 Packages R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
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Yousri HENCHIRI
1.1 Présentation de R
1 Introduction à R
[ environnement] [ langage] créer des graphiques.
[:] [être] [étudié,] et partagé librement.
[:]
R de base (fonctions statistiques et graphiques standards).
Extensions appelées packages (collections de nouvelles fonctions créées par des utilisateurs).
Typiquement, on utilise d’abord R pour faire de l’analyse statistique de données. On réalise donc en R les tâches suivantes :
[.]
[(estimation] tement de modèle, etc).
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[.]
Plusieurs utilisateurs de R doivent un jour développer leurs propres fonctions de calcul statistique. On peut devenir un développeur lorsque :
[à] [(] [).]
[à]
On passe d’utilisateur de R à développeur R souvent sans même s’en rendre compte.
[:] [.]
[:] plus simple et direct que, par exemple, C ou C++.
nauté active de développeurs et d’utilisateurs :
R évolue vite, ses bogues sont identifiés et corrigés rapidement.
il y a beaucoup d’information concernant la programmation en R sur internet.
le nombre de packages R est toujours grandissant, ainsi de nouvelles fonctionnalités sont fréquemment ajoutées à R.
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Les caractéristiques de R sont particulièrement adaptées au monde de la recherche et de l’enseignement. Il est donc très utilisé dans les universités. Par contre, il comporte les limites suivantes :
[:] [.]
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[:]
[:] [à la] volumineuses (mais de plus en plus de packages sont créés pour contrer ce problème).
Certains préfèrent utiliser un logiciel commercial car :
[à] [.]
[.]
1.2 Installation de R et RStudio
1.2.1 Introduction
Système d’exploitation Cette fiche explique les étapes générales d’installation de R et RSutdio pour tous les systèmes d’exploitation :
[(représentant] [également]
[(ou]
Quelques explications plus détaillées sont parfois fournies pour un système d’exploitation spécifique (en particulier Windows). La documentation officielle du R core concernant l’installation de la plus récente version de R est disponible ici : https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R- admin.html
Nécessaire au développement de packages R Afin de développer des packages R, quelques outils supplémentaires au logiciel R sont nécessaires, notamment un compilateur C/C++.
[ ][,] distribués sur internet.
[ Xcode command line tools][ ] sont pas déjà installés.
[«] [»] (
r-base-dev).
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LaTeX
Pour compiler des documents R Markdown vers un format PDF, une installation de LaTeX
est requise. De plus, une des commandes R pour le développement de packages ( R CMD check )
a besoin d’un compilateur LaTeX pour tester la création de la documentation en format PDF.
Ainsi, plusieurs utilisateurs de R auront besoin de LaTeX.
Voici quelques suggestions de compilateurs LaTeX gratuits :
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- [ ][,] [à]
[ ](https://cran.r-project.org/web/packages/tinytex/index.html)[ ] [(pensé] pour les utilisateurs de R, peut-être moins intéressant pour ceux qui utilisent aussi LaTeX en dehors de R).
Notez que les systèmes Linux viennent habituellement par défaut avec une distribution de LaTeX.
1.2.2 Logiciel R
Si, lors de l’installation de RStudio, R est déjà présent sur l’ordinateur, son emplacement devrait être détecté automatiquement par RStudio. Il est donc préférable de débuter par l’installation de R.
Installation Suivez d’abord ces étapes :
[«] [»] [à]
[«] [»,] [à] système d’exploitation.
Sous Windows ou macOS, il suffit de télécharger un installateur et de double-cliquer sur le fichier pour démarrer l’installation. Sous Linux, les instructions varient en fonction de la distribution utilisée. Vous pouvez procéder à l’installation de R en suivant les instructions décrites sur cette page web : http://basicgroundwork.blogspot.ca/2015/05/install-r-in-ubuntu-1404.html
1.2.3 RStudio
Installation Vous pouvez télécharger gratuitement la version la plus à jour de RStudio à partir
du site web :https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Le fichier d’installation correspondant à votre système d’exploitation vous sera proposé (vers
le milieu de la page). Vous pouvez aussi trouver le bon fichier dans le tableau intitulé « All
Installers ».
1.2.4 Packages R
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Installation
À partir du CRAN Le CRAN est le dépôt informatique de packages R géré par le R core team. C’est là que la majorité des packages R sont rendus disponibles publiquement. Pour installer un package à partir d’un des miroirs du CRAN, il suffit de :
[à]
[:]
En RStudio, la commande install.packages peut être lancée par le bouton « Install » de la
sous-fenêtre « Packages », en sélectionnant les options appropriées.
À partir d’un dépôt informatique autre que le CRAN En plus du CRAN, des packages R sont partagés à d’autres endroits sur le web, notamment sur :
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Le package remotes offre des fonctions pour télécharger et installer directement à partir de ces sites (p. ex. fonctions installbioc , installgithub , installgitlab et installbitbucket ).
À partir d’un fichier local Pour installer un package à partir d’un fichier local, il faut plutôt lancer la commande suivante en R :
Dans cet exemple, l’extension du fichier doit être adaptée selon le système d’exploitation utilisé.
L’extension .zip est celle d’un package pour Windows, .tgz est l’extension d’un package pour
macOS et .tar.gz est l’extension d’un package source, qui est aussi la version requise avec Linux.
Emplacement des packages installés Le répertoire dans lequel les packages R sont installés par défaut est identifié dans le premier élément du vecteur retourné par la commande R suivante :
Les autres éléments de ce vecteur sont d’autres répertoires dans lesquels R peut accéder à des installations de packages.
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